میرحسین موسوی سه باردردوران نخست وزیری خوداستعفاداد.یک نوبت درسال۶۳به خاطرعدم هماهنگی با رییس جمهور وکمبود بودجه،استعفا وتعویض کابینه را پیش کشیدکه بامخالفت اکبررفسنجانی مواجه شدو باردوم درتیر۶۳که ماه های آغازین مجلس دوم بودخواست تکلیف موارداختلافی با رییس جمهوروقت را یکسره کند وبرای کل دولت رای اعتماد بگیرد تا مسئله ی عدم توافقش با وزرای ناهماهنگ مشخص شود و سرانجام دربارسوم باتشدید اختلافات او بااعضای دولت ومجلس سوم که به تازگی ازمیان همفکرانش شکل گرفته بود اما اینک به وزرای پیشنهادی او رای نمیداد،وی درشهریور۶۷استعفاکرد این استعفا درست در روزهای پس ازپذیرش قطع نامه و جو ملتهب پس ازآتش بس به عرصه مطبوعات کشیده شده بود،بی آنکه درباره آن با امام امّت مشورتی صورت پذیرد.

این بی دقتی وتهی مغزی وخالی نمودن عرصه ازسوی موسوی درشرایطی که انسجام اجتماعی کشور درتهدید بود سبب رنجش امام وپاسخ سخت ایشان بودآنچانکه درنامه ای خطاب به میرحسین موسوی فرمودند:<حق این بود که اگرتصمیم به این کارداشتید لااقل من و یا مسئولین رده بالای نظام را در جریان می گذاشتید.در زمانی که مردم حزب الله برای یاری اسلام فرزندان خودرا به قربانگاه می برندچه وقت گله واستعفاست شما درسنگر نخست وزیری در چارچوب اسلام وقانون اساسی به خدمت خود ادامه دهید.>

امام همچنین درنامه ای دیگر خطاب به موسوی مینویسند:

<همه باید به خداپناه ببریم ودرمواقع عصبانیت دست به کارهایی نزنیم که دشمنان اسلام ازآن سوء استفاده کنند.مردم ما ازاین گونه مسائل درطول انقلاب زیاددیده اند این حرکات هیچ تاثیری درخطوط اصیل انقلاب اسلامی ایران نخواهد داشت.>

نکته سؤال برانگیز درمورد این استعفانامه این است که باعبارت ملت قهرمان ایران شروع میشود درحالی که طبق سلسه مراتب اداری درتمام جهان اوباید استعفای خود را به مقام مافوق خودیعنی رییس جمهور وقت آیت الله سیدعلی خامنه ای تقدیم میکردنداما گویا ایشان باسلسه مراتب ابتدایی اداری نیز آشنا نبودند.سؤال بسیارمهم تر و اساسی تر اینکه چراموسوی وقتی نامه اش ازرادیو سراسری پخش شد رهبرکبیرانقلاب اسلامی،تازه ازاستعفای وی باخبر شود وموجب شد تا امام آن نامه ی تند را خطاب به او بنویسد؟آیاموسوی نبایداین احترام وادب را نسبت به امام خمینی نگه میداشت؟ودر حرکتی که به استعفای مصدقی معروف گشت درآن زمان حساس تصمیم به ترک دولت گرفت. زمان استعفای موسوی مصادف بودبا پایان حمله ی مرصاد وآغازگفتگوهای آتش بس بین ایران وعراق.

امام درحکمی دکترولایتی را به عنوان نماینده جمهوری اسلامی درمذاکرات آتش بس تایین کردندو به سرعت ولایتی عازم نیویورک شداستعفای موسوی همزمان باصبح اولین روزاین مذاکرات بود.تاثیرات این استعفا در مذاکرات بعدها توسط دکترولایتی بسیار ناگوارعنوان شد اگرچه عده ای نیزاستعفای موسوی را ناشی از ناراحتی وی ازتعیین ولایتی توسط امام به عنوان نماینده ایران یادمیکند.

جلال الدین فارسی روایت میکند:امام در جلسه با مسئولان که خیلی از دست موسوی عصبانی است میگوید استعفای اورا قبول کنید.که مقام معظم رهبری می فرمایند نباید استعفایش بپذیرید چرا که وی دنبال قهرمان سازی از خود است که بگوید من طرفدار ادامه جنگ بودم.امام امت با اشاره دست به سوی مقام معظم رهبری می فر مایند این درست است.بعد هم امام خطاب به میرحسین فرمودند اگر خدمات شما نبود شما را به عنوان ضدانقلاب معرفی میکردم.و در سال ۸۸ موسوی بصورت علنی در جهت منافع اسراییل بر علیه نظام اسلامی بپا خاست و به خون شهدا خیانت کرد و به صف منافقین پیوست.